פרופ' מיכאל אבי-יונה היה אחד החוקרים הישראלים המובילים בתחום הארכיאולוגיה, שלא רק קידם את מחקר הארץ, תולדותיה וקדמוניותיה ביובל האחרון, אלא גם הביא לפיתוחם ולשכלולם של כמה ענפי מדע חשובים.
הדבר שאפיין את אבי-יונה במיוחד הוא היקפו העצום של מפעלו המדעי, והעושר הרב שהעמיק את ידיעותינו על ההיסטוריה, הארכיאולוגיה והגיאוגרפיה של ארץ-ישראל מאז התקופה ההלניסטית ועד ראשית התקופה הערבית. שלוש סגולות עיצבו את דמותו: ראשית, השכלתו הרחבה ושליטתו הבלתי-רגילה בלשונות אירופה ובלשונות הקלאסיות; שנית, יכולתו לדלות ידע ממקורות מרובים ומגוונים ולהכלילם במחקריו. הוא הגיע לסינתזיה רחבת-יריעה המושתתת על יסודות מוצקים. ושלישית, יכולתו המופלאה לארגן את החומר בשקדנות ולפרסמו הן בצורה אנציקלופדית או לקסיקונית הן בהרצאה שוטפת, המושכת את לב הקורא המשכיל שאין המחקר אומנותו. אין להתפלא אפוא, שהספיק לפרסם מספר כה רב של ספרים ומאמרים בנושאים שונים זה מזה בתוכנם ובאופיים, בין בעברית ובין בלועזית, ועם זאת להקדיש זמן רב לעבודות עריכה. על אבי-יונה מותר לומר, כי היה אמן הכתיבה המדעית והכתיבה המדעית-הפופולארית גם יחד, שלא זלזל בשום פרט ושם לב לכל חוליה בשרשרת. אכן, יבולו המדעי הספרותי, פרי מחקר רצוף ופורה במשך דור שלם, משמש מקור של ידע והשראה לעמיתיו ולתלמידיו.
בבואנו לסכם, ולו בקצרה, את הישגיו בתחומי-המחקר השונים, מן הראוי להזכיר אחדים מספריו, שיצאו להם מוניטין בקרב שוחרי ידיעת הארץ ועתיקותיה. בראש ובראשונה עלינו לציין את ספריוו "גיאוגראפיה היסטורית של ארץ-ישראל למן שיבת ציון עד ראשית הכיבוש הערבי" ו"בימי רומא וביזנטיון" וכן את חלקו ב"אטלס כרטא" ובספר על "המוזאיקות של ישראל" שבהוצאת אונסקו. כל אחד מן הספרים האלה וכן המונוגרפיות שלו — כגון הפרסום הדן באלמנטים המזרחיים באמנות ההלניסטית ו"מפת מידבא"—הם חיבורי יסוד, שכל העוסק בתחום הנדון אינו יכול לפסוח עליהם. אין הרבה תחומים בחקר תולדותיה של ארץ-ישראל ותרבותה שאבי-יונה לא עסק בהם, בין במישרין ובין בעקיפין, ותרומתו נכבדה גם בענפי מדע המחייבים התמחות מיוחדת, כגון אפיגרפיה ונומיסמאטיקה יוונית ולטינית.
אך יש תחום מחקר אחד שתמיד משך את התעניינותו המיוחדת של אבי-יונה, הלוא הוא מחקר ירושלים. הדבר בא לידי ביטוי בביבליוגרפיה על הארכיאולוגיה של ירושלים שחיבר לפני שנים רבות, בשורה של מאמרים, וב"ספר ירושלים", שערך אותו ופרסם בו פרקים חשובים. אפשר לומר, שהיתה זו אהבתו העזה לעירו שהניעה אותו לעסוק בבעיות ירושלים שלפני חורבנה על-ידי הלגיונות של רומא ולבצע אף מפעל למופת: הדגם של ירושלים בימי הורדוס שבמלון "הולילנד".
במשך כל השנים היה אבי-יונה פעיל בוועד המנהל של החברה לחקירת ארץ ישראל ועתיקותיה, ושנים רבות, עד יום מותו, היה אחד המרצים הראשיים במכון לארכיאולוגיה באוניברסיטה העברית. במשך זמן-מה אף היה ראש החוג לארכיאולוגיה. כמו במחקר, גם באוניברסיטה ובחברה לחקירת ארץ-ישראל ועתיקותיה תרם את תרומתו המיוחדת והנכבדה — בקביעות, בשיטתיות וברוח טובה וחברית. אבי-יונה חינך דור של חוקרים צעירים, הממשיכים את מפעלו המבורך, הן כמורים באוניברסיטאות, הן כחופרים והן כעובדים מדעיים במוזיאונים ובאגף-העתיקות.
ראויה לציון במיוחד תרומתו החשובה לקידום המחקר כעורך הראשי של Israel Exploration Journal, שהוא הביטאון הלועזי של חוקרי הארץ וקדמוניותיה.
עדיין לא הגיע הזמן לסכם במלואם את מפעל חייו, את דרכו ואת שיטתו, את הישגיו בתחומי המחקר השונים ואת חידושיו, כל-שכן להעלות במלואן את סגולותיו כאדם, כיוצר וכאיש-אשכולות, אשר בצניעותו ובאצילות רוחו לא התבלט כלפי חוץ.
בסוף חייו היה חולה מאוד, וידוע ידע שימיו ספורים, אבל גם בתנאים אלה לא הפסיק את עבודתו והוסיף להתעניין בכל המתרחש במחקר. אף לא נטש את חוש ההומור המיוחד לו. וכבר אמרו אבותינו: "חכם שמת אין לנו כיוצא בו", ואימרה זו יפה בלי ספק לאבי יונה. אכן, יחסר לנו אבי-יונה החוקר, המורה והשותף לבניין המדעי שהוקם בשקידה ובתנופה, אך בראש וראשונה יחסר לנו אבי-יונה הרע, שהאציל מרוחו על חוג ידידיו ומוקיריו.
חבל על דאבדין ואינם משתכחין.
ב' מזר, 1974, קדמוניות 25/26: 65