במכון ישנן תשע קרנות שונות המעניקות מלגות בהיקף של כ-400,000 שקל כל שנה.
אנו נותנים מלגות אילו על בסיס הצטיינות אישית, לסטודנטים לתואר שני ולתואר שלישי. רוב המלגות מיועדות לעזרה בתשלום שכר ומלגות קיום. כך הסטודנט יכול לעבוד פחות שעות כל חודש, ולהקדיש יותר זמן ללימודים. סטודנטים לתואר ראשון יכולים לקבל סיוע כלכלי מדיקאן הסטודנטים. פירוט המלגות: קרן מלגות לזכר דוד גיטה ומיכאל הופמן, קרן ע״ש רומן וטניה גירשמן, קרן ע"ש פלומבה קרסו לארכאולוגיה, קרן מלגות ע"ש ז'אק וסימי קוגן לסטודנטים בארכאולוגיה, קרן אברהם ורחל נגב, קרן אוה ואנדרו פראגו, קרן פרלמן, קרן ע"ש תמר ודב נוי בארכאולוגיה פרהיסטורית, קרן מחקר ארכאולוגי ע"ש רות עמירן.
קרן רות עמירן
סוג אחר של מלגות ניתנות מקרן רות עמירן, והן מיועדות למחקרי סטודנטים, היכולים לנהל באופן עצמאי סקרים, חפירות, ומגוון מחקרים אחרים. כך אנו מעודדים סטודנטים בתואר שני או שלישי ליזום ולבצע מחקר עצמאי, ולא להסתפק רק בהשתתפות בפרויקטים הקיימים. במסגרת קרן רות עמירן ערכו סטודנטים של המכון מגוון של מחקרים, כגון סקרים ארכיאולוגיים במדבר יהודה ובגליל, חפירות ברוג'ום אל-הירי ברמת הגולן, וניתוח ממצאים ממגוון תקופות.
