אנו עוסקים בכל מגוון ההיבטים של ההתנהגות האנושית, כגון: היציאה מאפריקה, הופעת האדם המודרני, המהפכה החקלאית, ביות צמחים ובעלי חיים, ריבוד חברתי, המהפכה העירונית, תיכנון עירוני, דגמי ישוב, מסחר וקשרים בינלאומיים, מנהגי קבורה. סוגי הממצא שאנו חוקרים כוללים: כלי צור, כלי מתכת, כלי חרס, צלמיות, פסלים, ציורי קיר, חותמות, כתובות, מטבעות ופסיפסים.
התנהגות וקוגניציה, דמוגרפיה, כלכלה, דת ופולחן, אמנות, ארכיטקטורה, הגירת אוכלוסייה, ועוד ועוד. במחקר הארכאולוגי משלבים באופן הדוק מחקרים מתחומים אחרים: היסטוריה, אבולוציה, גיאולוגיה, אנתרופולוגיה, סוציולוגיה, כלכלה, גיאוגרפיה, אקולוגיה, מדעי הסביבה, כימיה, אמנות, לימודי מקרא, מדע הדתות, שפות ותרבויות עתיקות. מסיבות אלו, מתקיים באופן טבעי בארכיאולוגיה מחקר בין-תחומי (אינטרדיסציפלינרי), ולימודים משולבים של ארכיאולוגיה עם כל אחד מהתחומים שהוזכרו הוא לפיכך בעל ערך רב. מיקומה הייחודי של הארכאולוגיה, בין מדעי הרוח, החברה והטבע מאפשר שפע של שילובים, מרחיב את האופקים ומעודד התמחות בתחומים שונים ומגוונים.
בשל מיקומה של ארץ ישראל בין אפריקה, אסיה ואירופה, האזור נחשף לכל השלבים המרכזיים בהתפתחות האדם והתרבות האנושית. כאן עברו "היציאות מאפריקה" - התפשטות האדם ממולדתו הביולוגית לעבר שאר העולם. כאן התרחשה "המהפכה הנאוליתית", שכללת את ביות הצמחים ובעלי החיים ואת המצאת החקלאות. בסמוך, במסופוטמיה ובמצרים, התרחשה "המהפכה העירונית", בה התגבשו חברות עירוניות-מעמדיות עם מוסדות שלטון וכתב. בארץ ישראל הומצא, ומכאן הופץ לרחבי העולם, כתב האלפבית, המאפשר קרוא וכתוב לכל אדם. כאן גובשו הדתות המונותאיסטיות: יהדות, נצרות, ובסמוך - האיסלאם. מכל הסיבות הללו, ארץ ישראל תופסת מקום מרכזי בארכאולוגיה העולמית.
כמו כן, חוקרים מהאוניברסיטה העברית, ממספר חוגים, מבצעים חפירות ומחקרים בסין, מונגוליה, טג'קיסטאן, גיאורגיה, טורקיה ואתיופיה, וזוהי האוניברסיטה היחידה בארץ שארכיאולוגיה נחקרת בה בהיקף עולמי.