אנו מציעים תוכניות לימודים לתואר בוגר, מוסמך ודוקטורט. הלימודים לכל אחד מהתארים מתקיימים בכמה מדורים עיקריים:
עוסק בפרק הזמן שבין ראשית התרבות החומרית, לפני כשלוש מיליון שנים, ועד המעבר לישיבת קבע וחקלאות לפני כ-10,000 שנים.
עוסק בפרק הזמן שבין 7,000 שנה לפני זמננו ועד לכיבוש הארץ בידי אלכסנדר מוקדון במאה ה-4 לפנה"ס.
מן המאה ה-4 לפנה"ס ועד כיבוש הארץ על ידי המוסלמים בראשית המאה ה-7 לספירה.
נלמדת בשיתוף עם החוג ללימודי האסלאם והמזרח התיכון. המכון לארכיאולוגיה באוניבריסטה העברית הוא המכון היחיד בארץ שבו ניתן להתמחות בארכיאולוגיה מוסלמית בתואר הראשון והשני.
עוסק בתרבות, בספרות ובכתבים של מסופוטמיה הקדומה ומצרים העתיקה.
בכל המדורים הארכאולוגיים מתקיימות חפירות ופעילות מחקרית שבהם משתתפים סטודנטים בכל התארים, וכך לומדים את מקצוע הארכאולוגיה הלכה למעשה. לימודי הארכאולוגיה המחקרית כוללים בנוסף להרצאות בכיתה ולימוד עצמי בספריה גם עבודת שטח, הכוללת חפירות וסקרים. השילוב הייחודי של עבודת מוח ועבודת כפיים, באווירה של חוג קטן ועצמאי, יוצר גיבוש חברתי וחוויות ייחודיות לחוג לארכאולוגיה.