למכון תשע קרנות שונות המעניקות מלגות בהיקף של כ-400,000 שקל כל שנה.
אנחנו מעניקים מלגות אילו על בסיס הצטיינות אישית, לסטודנטים לתואר שני ולתואר שלישי. רוב המלגות מיועדות לעזרה בתשלום שכר ומלגות קיום. כך הסטודנט יכול לעבוד פחות שעות כל חודש, ולהקדיש יותר זמן ללימודים. סטודנטים לתואר ראשון יכולים לקבל סיוע כלכלי מדיקאן הסטודנטים.
פירוט הקרנות: קרן מלגות לזכר דוד גיטה ומיכאל הופמן, קרן ע"ש פלומבה קרסו לארכאולוגיה, קרן מלגות ע"ש ז'אק וסימי קוגן לסטודנטים בארכאולוגיה, קרן אברהם ורחל נגב, קרן אוה ואנדרו פראגו, קרן פרלמן, קרן ע"ש תמר ודב נוי בארכאולוגיה פרהיסטורית.
תקנון מלגות המכון לארכיאולוגיה לתלמידים מתקדמים
מלגות מטעם מרכז רוג'ר וסוזן הרטוג לחקר הארכיאולוגיה של ירושלים ויהודה
מרכז הרטוג לחקר הארכיאולוגיה של ירושלים ויהודה מעניק מלגות קיום לתלמידי מוסמך, דוקטורט ופוסט-דוקטורט מצטיינים במכון לארכיאולוגיה של האוניברסיטה העברית (וכן מועמדים ללימודים במכון) שתחום התמחותם קשור לארכיאולוגיה של ירושלים ויהודה (בכל התקופות).
פרטים נוספים וקולות קוראים למלגות ומענקי מחקר ניתן למצוא באתר המרכז.
קרן רות עמירן
סוג אחר של מלגות ניתנות מקרן רות עמירן, והן מיועדות למחקרי סטודנטים, היכולים לנהל באופן עצמאי סקרים, חפירות ומגוון מחקרים אחרים. כך אנו מעודדים סטודנטים בתואר שני או שלישי ליזום ולבצע מחקר עצמאי, ולא להסתפק רק בהשתתפות בפרויקטים הקיימים. במסגרת רות עמירן ערכו סטודנטים של המכון מגוון של מחקרים כגון, סקרים ארכיאולוגיים במדבר יהודה ובגליל, חפירות ברוג'ום אל-הירי ברמת הגולן וניתוח ממצאים ממגוון תקופות.
הגשת מועמדות למלגות תתבצע באמצעות אתר המלגות של האוניברסיטה העברית.